PQQ 能够保护您的脑细胞及其 DNA 不受损伤，这也表明它可以成为预防神经退行性疾病的有力工具。线粒体的 DNA 很容易受到自由基和氧化剂的破坏。人体内的大部分自由基都在线粒体内部产生，也正因为如此，线粒体对自由基的损伤尤为敏感。
自由基是将食物转化为细胞能量的过程中不可避免的产物，您的食物最终会在线粒体内代谢。研究发现， PQQ 可以预防这一类损伤。它还可以激活线粒体自带的修复和复制机制。
在大脑内，它产生的实际最终结果是神经功能的全面改善，包括认知、学习和记忆的改善，以及神经退行性疾病的风险降低。研究显示， PQQ 可通过刺激中枢神经系统中某些胶质细胞的神经生长因子 (NGF) 的合成，来保护和提高神经元的存活率。
研究还发现，它可以改善遭到β-淀粉样蛋白破坏的脑细胞（阿尔茨海默病的一个标志）的功能，并阻止与帕金森病相关的 α-突触核蛋白的形成。
根据2012 年的一项研究， PQQ 甚至可以在遭受创伤性脑损伤的情况下，帮助防止神经细胞死亡。该项研究报告的作者表示：“ PQQ 对于创伤性脑损伤后的恢复具有至关重要的作用。”