1、增加线粒体数量，强化功能的作用
线粒体是细胞进行氧化磷酸化产生能量的重要场所，是细胞的动力工厂。机体运动95%以上的能量来源于线粒体提供。 PQQ 可以刺激线粒体的生物合成，使其的数量增加，功能增强，从而提高能量的利用率。 PQQ 可以通过四种途径调控线粒体：① PQQ 通过调控氧化物酶增殖物激活受体因子的生物合成来增加线粒体的数量和功能。 PQQ 刺激环磷酸腺苷反应结合蛋白调控线粒体的生物合成。 PQQ 通过基因调控和核呼吸因子(NRF)作用，增加线粒体转录因子的合成，实现对线粒体的调控。 PQQ 通过在呼吸链中的重要角色实现对线粒体的调控。
2、缓解炎症的作用
PQQ 可明显的抑制炎症反应，保护机体组织。类风湿性关节炎是由于人体免疫细胞将关节细胞误以为是外来入侵者，进而攻击关节细胞所引起的。接着人体便会释放炎症因子和酶，损坏关节软骨乃至整个关节。类风湿性关节炎的可恶之处在于，不仅会影响关节功能，还会影响身体的其它部位。更严重的是，风湿性关节炎还会增加心血管疾病的患病风险。研究表明类风湿性关节炎患者的总体死亡率比普通人群高出40%。研究者发现 PQQ 可以抑制成纤维样的滑膜细胞释放炎性因子，同时可以阻止核转录因子被激活。同时研究者还发现 PQQ 可以降低特定酶(如基质金属蛋白酶)的活性，这种酶会分解关节中的Ⅱ型胶原蛋白。一氧化氮是炎症的生物指标之一，其本来具有减少炎症和扩张血管神经的作用，但是在特定情况下，一氧化氮过量会会导致炎症。该试验表明 PQQ 还具有减少胶原蛋白分解酶和一氧化氮的作用。
3、神经营养与保护作用
PQQ -营养、保护神经的作用十分突出。神经生长因子(NGF)是中枢及周围神经元发育、生长、再生和功能特征表达起着重要的调控作用。早期研究发现 PQQ 能够促进NGF的生成。 PQQ 能够促进许旺细胞合成和分泌NGF，说明 PQQ 这种作用发生在转录前水平。 PQQ 能显著减少神经行为缺陷和梗死范围，这预示 PQQ 在防治中风方面具有潜在价值。 PQQ 抑制氧化应激导致神经元死亡的作用机理与提高脑内DJ-1还原态蛋白水平有关。 PQQ 还可以调节线粒体发生和氧化代谢，进而调控细胞的分化增殖和死亡。 PQQ 有望作为神经营养保护药，在帕金森症，阿尔茨海默病等退行性神经病变中发挥价值。
4、增强代谢，提升免疫力的作用
PQQ 能刺激人体细胞的生长，尤其是激活人体B细胞、T细胞，使之产生抗体，提高人体免疫功能。 PQQ 可以减少疲劳感，减轻焦虑，降低LDL胆固醇水平，提高睡眠质量，延长睡眠时间。
5、 PQQ 对心脏的保护作用
PQQ 对心脏的保护作用主要通过抑制心肌细胞高活性反应分子性氧簇(ROS)的产生和线粒体膜电位的降低来减少心肌细胞的死亡。研究发现， PQQ 清除自由基的能力是维生素C的50～100倍，是目前发现的抗氧化能力最强的物质。大量生理实验表明， PQQ 能够保护心脏免受缺氧缺血造成的损伤。
PQQ 的补充剂量
关于 PQQ 的一个问题是什么是有效剂量?具体来说，如果 PQQ 的营养需求每天低于500微克，为什么推荐的剂量是10到20毫克? 为了测量成年动物线粒体功能的反应，就需要提供更多的 PQQ ，就像为什么只有8到15毫克的维生素C可以预防坏血病的明显症状一样，目前推荐的膳食摄入量是每天75到90毫克(成年人，不包括孕妇和哺乳期妇女)，以达到最佳的功能，临床应用甚至需要更高的剂量。
目前推荐每天服用10到20毫克的 PQQ ，这是基于动物体内相同剂量的 PQQ 。 PQQ 一直在改善各种线粒体功能。也有一些临床和观察性研究证明了该剂量的合理性，特别是20毫克的增强记忆的剂量。
PQQ 是许多重要细胞反应的氧化还原辅因子，它是某些酶起作用所必需的，它还被证明可以改善线粒体功能，是一种非常强大的抗氧化剂。