PQQ 具有高度的热稳定性。在中性和弱酸性条件下， PQQ 脱去酸性基团羟基上的氢成为阴离子，能与许多化合物形成加合物，如水、硼酸、醇、醛、酮、氨、胺、脉、氰化物，苯等。
PQQ 是亲电化合物，有5个位点，能与羟基反应形成稳定的化合物，也能与氨反应产生亚氨基醌。 PQQ 通过与Ca2+或Mg2+形成非共价配位键连接于酶蛋白上，参与电子在醌酶内的传递，协助醌酶完成特定的催化作用。 PQQ 化学结构中的邻位醌和3个羧基是重要的功能基团。
PQQ 作为一种主动运输的有机阴离子，集中在细胞中。在细胞中， PQQ 醌酶的天然电子受体是CoQ10或细胞色素。 PQQ 作为辅助因子，在不同的醌类酶中的电子传递的机理都非常的相似，醇脱氢酶在电子传递过程中，首先电子会从甲醇传递到 PQQ 的第五位碳原子上，让 PQQ 变成 PQQ H2还原型， PQQ H2再将电子传递给细胞色素C。
PQQ 能神奇地完成20000次氧化还原循环反应
PQQ 根据结合电子和质子不同存在醌型（氧化型 PQQ ），半醌型（ PQQ .H)和氢醌型（还原型 PQQ H2）。这三种类型可以通过电子和质子的转移相互转化，并且和很多亲核物质如氨基酸等发生加成反应形成咪唑衍生物IPQ和恶唑衍生物OPQ。 PQQ H2和 PQQ .H在氧气中很容易被氧化成 PQQ ，生产H2O2.
PQQ 独特的分子结构使其兼具了维生素C（还原电势），核黄素（氧化还原反应）和吡哆醛（羰基活性）的理化优势，并且比维生素C，甲萘醌和所有的异黄酮类，多酚化合物的氧化还原电势都高出至少100倍以上。
氧化还原反应体系能够反复催化氧化还原反应，其催化次数部分取决于催化分子的化学稳定性。 PQQ 是一种小醌分子，化学结构相对比较稳定，而很多生物活性醌类或烯二醇类（如维生素C）则由于自身氧化，多聚化和化学结构的变化不够稳定。稳定的化学结构和较高的氧化还原电势使 PQQ 成为迄今为止催化氧化还原反应能力最强的生物活性分子。
PQQ 催化氧化还原反应的次数高达20000次，远高于维生素C的4次，是维生素C的5000倍。