研究显示，使用 PQQ 保护缺血再灌注小鼠的心脏，能够显著缩小心肌梗死范围，增强左室收缩压和舒张压的升降速率，减少心室纤维性颤动，降低心肌组织中过氧化标志物丙二醛的水平。 PQQ 还能抑制过氧化氢诱导的大鼠心肌细胞ROS的产生，以及降低胞内线粒体膜电位，从而降低氧化应激伤害、维持线粒体功能，从而保护心肌细胞。
肝脏是动物和人体最重要的代谢和解毒器官，也是最容易发生病变的器官，科研人员在研究中发现，使用四氯化碳(CCl4)、半乳糖胺、硫代乙酰胺等毒素对大鼠肝脏造成试验性损伤，如果采用预先在腹腔内注射一定剂量 PQQ 及其衍生物，可以有效缓解损伤的程度。 PQQ 可以减少由肝脏毒性物质诱导的ROS生成，显著降低血清胆红素谷丙转氨酶(GPT)及乳酸脱氢酶的水平，缓解肝脏细胞病变及坏死，同时大鼠的常规生化指标不会出现异常。
乙醛对生物体的毒性损伤十分强烈，用啮齿动物进行研究发现， PQQ 有助于代谢乙醛，防止乙醛的积累对生物体造成的不可逆严重伤害。将乙醇灌入鼠胃前，在其腹腔中注射 PQQ (剂量为11.5mg/kg体重)，研究发现，处理组鼠血液和肝脏中乙醇浓度与对照组没有明显差别，但前者乙醛浓度却比后者低得多，这表明 PQQ 可以加速乙醛的代谢。