自由基是机体氧化反应中产生的一类化合物，具有强氧化性，一旦在体内积累就会损伤组织和细胞，进而引起慢性疾病和衰老效应。异常高的氧化还原再循环能力使 PQQ 最重要的作用就是清除自由基。
生物体内活性氧（ROS)自由基的积累会引起机体衰老从而引发各种疾病，包括癌症、心血管疾病等。
人体内有内源性抗氧化系统维持着自身自由基的平衡，SOD(超氧化物歧化酶）、CAT（过氧化氢酶）、GSH（谷胱甘肽）的抗氧化酶系是互相协调，维持着机体正常运转。由于环境恶化和饮食作息不规律，导致人体自由基平衡被打破，有害物质积累愈发严重。
PQQ 作为氧化还原的辅酶，其特殊的醌型结构可以调节内源性抗氧化物的底物平衡，加快抗氧化物的回收再利用，高效缓解机体氧化损伤。
1. PQQ 可催化氧和自由基相互转化，帮助机体维持自由基平衡。可以清除过氧化物，羟基，氧自由基等活性氧，并在溶液里与它们形成稳定的化合物。
2. PQQ 作为非共价结合辅基与SOD协同结合消耗氧自由基，抑制超氧阴离子自由基对细胞的伤害。
3. PQQ 通过加速“NAD+NADH”的反应，将被利用后的氧化型谷胱甘肽（GSSG)更快递转化为还原型谷胱甘肽（GSH)，保持体内氧化应激系统快速反应。
4. PQQ 具有激活细胞氧化应激保护机制的能力，激活细胞内抗氧化通路。当NRF2和NRF1通路被激活时，细胞线粒体将提供更多的能量，并恢复细胞防御机制。自身的抗氧化剂SOD(超氧化物歧化酶），NAD+会以更高的水平释放出来。氧化应激会平均降低，能更好地抵抗疾病。