PQQ 与水溶性B族维生素有些类似，广泛存在于自然界中，大部分的食品中也都存在，含量较低，约在3.65-61.0ng/g之间。
有研究发现，人体内脏、睾丸和体液中都存在 PQQ ，脾脏含量最高，达到5.9 ng/g，在母乳中的含量约在140-180ng/mL之间，比一般食物含量多几十倍，说明该物质对新生婴幼儿的生长发育可能起到至关重要的作用。
而在发酵豆制品中可高达61ng/g;在谷物、鸡蛋、蔬菜、乳品、水果等常见食品中的含量为3.65-34.20ng/g，该研究说明 PQQ 是一种对新生动物健康至关重要的膳食营养素。
同时大量的小鼠实验研究也发现， PQQ 的缺乏会导致小鼠繁殖能力低下等现象，故而有学者推测它同样对人类也有类似的影响。现在还不能证明高等生物能自身合成 PQQ ，因此认为高等生物体内的 PQQ 是来源于微生物，而不同微生物的 PQQ 分泌量从1 pg/mL~1mg/mL。
PQQ 最早是在革兰氏阴性菌中被发现，最初的来源也可能是革兰氏阴性菌利用谷氨酸和酪氨酸为底物发酵而成的。目前并未发现可靠的证据可以证实哺乳动物能够自身合成 PQQ ，但在动物体内却存在一定剂量的 PQQ ，其食物来源可能是哺乳动物体内 PQQ 的主要来源，也有可能是唯一来源。动物和人类肠道中的微生物都不能合成 PQQ 或合成量极少，这根本无法满足身体的营养需要。人类和动物只能通过饮食或膳食补充剂途径来获取 PQQ 。